Во время проведения операции «Нерпа» военный совет штаба флота перешел на казарменное положение. Евгений Лебедев постоянно держал ситуацию вокруг эскадры под контролем. Тем более, что там находился его единственный сын Александр. Получив от него записку, доставленную летчиком, племянником Малевского, он незамедлительно принял меры по налаживанию эффективного взаимодействия корректировочных групп с корабельной артиллерией, распределив их по секторам стрельбы. Выполнил он и личную просьбу самого Малевского, организовав эвакуацию раненых из Либавы в сопровождении той самой женщины, военного врача, о которой просил командир соединения эсминцев ПВО. Тем более, что необходимость эвакуации на самом деле назрела. И, разумеется, Евгений Лебедев знал, что его сыну пришлось идти на берег вместе с десантом, чтобы корректировать стрельбу кораблей. Потому старший Лебедев, будучи комиссаром флота, заставлял штабных действовать в круглосуточном режиме.
После того, как в первый же вражеский авианалет на Ленинград квартира их семьи оказалась уничтожена, Евгений Лебедев, разместив жену и невестку у родственников, почти постоянно находился на службе. Питался он в штабной столовой, а спал в комнате отдыха. Личным примером он быстро добился того, что и Трибуц с Пантелеевым теперь почти безвылазно сидели в штабе, постоянно работая над улучшением боевого управления всеми силами Балтийского флота. Втроем они быстро разработали и осуществили оборонительную операцию в Либаве, продумали и выполняли операцию «Нерпа», разрабатывали планы высадки десанта на Хельсинки, если Финляндия вступит в войну.
Но финское правительство теперь не спешило. После краха совместной с немцами операции по минированию Финского залива, после потерь минных заградителей и тральщиков, и, тем более, после того, как советская эскадра легких сил во главе с крейсером «Максим Горький» начала рейдерствовать на коммуникациях, топя все немецкие суда, встречающиеся на морских просторах, финны присмирели и выжидали. Кроме того, что немцы использовали финские аэродромы для бомбежек Ленинграда, никаких других враждебных действий властями Финляндии пока не предпринималось. Не слишком уверенное продвижение немецких войск за несколько первых суток войны вглубь территории СССР вместе с явными поражениями кригсмарине на море, подрывало веру финнов в военную мощь Германии.
Финское правительство лавировало и выжидало. Оно объявило по дипломатическим каналам властям СССР, что немцы, как будто бы, захватили военные объекты, в том числе, аэродромы на финской территории и удерживают их силой, как собственные военные базы. И пока, мол, финны не знают, как можно это положение изменить, но ведут переговоры с Германией по вопросу вывода ее войск со своей территории. В то же время, финны не спешили разоружать свою армию. Напротив, она стояла у границы с СССР в полной боевой готовности. На все это указывал глава советской дипломатии товарищ Молотов в ноте от 25-го июня, предупреждая, что если меры против нахождения вооруженных сил Германии на территории Финляндии финны в самое ближайшее время не примут, то это вынужден будет сделать Советский Союз.
Так что разработка десантной операции на Хельсинки не прекращалась. Разрабатывал штаб флота и планы обороны Риги, островов Моонзунда и Таллина против наступающих немцев, а против финнов, если они все же вступят в войну, кроме десантной операции, планировалась оборона Выборга и удар на Котку при поддержке флота. И все это согласовывалось Евгением Лебедевым непосредственно с Жуковым. Фактически, действиями Краснознаменного Балтийского флота теперь руководили эти два человека. Георгий Жуков и Евгений Лебедев. А Трибуц с Пантелеевым играли роль исполнителей воли Главнокомандующего Западным Стратегическим направлением, который принимал все решения по Балтфлоту, советуясь с Евгением Лебедевым. С Жуковым они решили активнее использовать на приморском фланге самолеты, спасенные из-под первого удара немцев. Под давлением доводов комиссара Лебедева и получив, для подстраховки, официальный приказ от Жукова, командующий флотом вице-адмирал Трибуц поставил боевую задачу флотским летунам защищать не только корабли, но и высаженный десант всеми силами морской авиации. А ее у Балтфлота насчитывалось немало.
К началу немецкого вторжения ВВС КБФ сформировали три авиабригады, отдельный авиаполк и семь отдельных эскадрилий. У флота имелось сто семьдесят бомбардировщиков, сто тридцать разведывательных самолетов и триста пятьдесят истребителей. Большинство истребительного авиапарка составляли машины И-16, «ишачки», как их называли сами пилоты из-за своенравности и сложности пилотирования. Даже выдающийся летчик Валерий Чкалов считал этот истребитель непростым в управлении. И-16 являлся изделием КБ Поликарпова, испытания самолета начались в конце 1933-го года, а в следующем машину запустили в серийное производство. Это был первый советский истребитель с убирающимися шасси. Его проектировали, как скоростной моноплан для маневренного воздушного боя. Получился небольшой самолет с хорошей маневренностью и малой инерцией, но неустойчивый в полете. Потому он требовал от пилотов повышенного внимания, реагируя на любое неверное движение. Аварийность поначалу оказалась достаточно высокой. Этот истребитель не прощал ошибок, зато те летчики, которые хорошо осваивали его, потом легко пилотировали машины других типов.
Боевой путь «ишачка» начался во время гражданской войны в Испании в конце 1936-го года. Он активно применялся и на Халхин-Голе, а также в «Зимней войне» с Финляндией. С самолетами люфтваффе над территорией СССР «ишачки» схлестнулись в воздушных боях уже в первое военное утро. Боевой счет оказался не в пользу «ишачков» на один сбитый «Мессершмидт» приходилось, в среднем, два И-16. Хотя, при умелой тактике боя, у советских пилотов имелись хорошие шансы на победу. «Ишачки» отличались большей живучестью мотора. Их силовая установка, имеющая воздушное охлаждение, оказывалась менее чувствительной к пробоинам. В то время, как для того, чтобы сбить 109-й «Мессершмидт» достаточно было попасть всего одной пулей в систему охлаждения двигателя. К тому же, более широкий двигатель И-16 лучше защищал летчика от пуль и осколков при лобовых атаках. Хотя винтовочный калибр вооружения был недостаточным, тем не менее, немецкие самолеты «ишачками» сбивались.
К началу войны с Германией «ишачки» стали основными истребителями Военно-Воздушных Сил не только Балтфлота, а и всего СССР. Благодаря раскрытию немецких планов вторжения разведкой Балтийского флота, вовремя передислоцированные с приграничных аэродромов, заставленных макетами и списанными машинами, подвергнутых массированным немецким авианалетам в первое военное утро, И-16 почти полностью сохранили количественное преимущество. Потому в воздушных боях первых военных дней на стороне «ишачков» почти всегда имелся численный перевес.
Никакого господства немецкой авиации в воздухе с началом войны не наблюдалось. Немецкий план уничтожить советскую авиацию передового базирования ударами по аэродромам провалился. И борьба основных истребителей противоборствующих стран пошла на равных: численное преимущество «ишачков» против технического превосходства «мессеров». Полторы тысячи истребителей И-16, сохраненных от первого вражеского удара на переднем крае, играли важную роль в той оборонительной стратегической операции с названием «Красный штык», которую проводил Жуков с целью измотать и обескровить ударные силы противника. Несмотря на все свои недостатки, боевые задачи эти несколько устаревшие самолеты все еще могли успешно выполнять. Большие потери истребителей И-16 в воздушных боях начала войны объяснялись не столько техническим отставанием, сколько недостаточным боевым опытом советских пилотов, неважной слаженностью и нечеткостью управления эскадрильями.
По-прежнему существовали проблемы с радиосвязью. Несмотря на принятые в последние две недели перед войной срочные меры, оснащение самолетов радиооборудованием оставляло желать лучшего. А без радиосвязи невозможной становилась и точная авианаводка. Самолеты дооборудовали уже в ходе боевых действий, все ведущие звеньев в обязательном порядке теперь должны были иметь радиостанции, а ведомые — хотя бы приемники. Но электронная промышленность СССР не могла справиться с возросшими запросами ВВС, армии и флота на радиоаппаратуру столь быстро.